素材获取贯穿整个学期流程，主要来源包括地图采集、怪物掉落、商店购买、任务奖励及特殊角色技能触发。所有素材按类别分为植物、矿物、液体、生物材料与合成中间产物，需结合章节进度逐步解锁。
地图采集是基础途径。初期可进入“活力森林”割取青色花瓣、哈乌伦草；中期开放“高台”后可钓鱼获得鱼类素材；后期迷宫如“旧校舍地下”“炼金工房废墟”中存在稀有矿石与特殊植物。采集点通常表现为发光草丛、岩石或水池，靠近后按交互键即可获取。部分区域宝箱内含固定素材，如旧宿舍箱子中的塞浦路斯铜矿石。
怪物战斗提供生物类素材。普通敌人如キノアラ掉落甲壳碎片，高台鱼怪掉落虹色羽毛（非红色羽毛），后期迷宫中的黑暗噗尼可被菲萝使用“我的点心包包”技能吞食后转化为99%巧克力。讨伐任务由学生课发布，完成指定击杀数后除课题评价外，也可能直接奖励稀有材料。
商店系统分阶段开放。校庭摊位、购买部、食堂、保健室在不同章节陆续出售基础素材与调合书。例如第一话起食堂出售夏利奥牛奶，第三话购买部上架深层海洋水，第五话食堂新增褐色地下水。资料馆在剧情推进后加入，提供高级合成配方所需原料。
调合本身也是素材再生手段。通过组合低级材料可生成中级或高级素材，如滴水与青色花瓣合成治愈药，再与其他成分反应生成更强效物品。固定配方可通过红龙女士房间升级、课题完成或商店购得获取。
特殊机制依赖角色能力。菲萝的“点心包包”、维因的“矿物感知”等技能在特定条件下触发额外掉落。自由时间探索时，与同学同行可能激活隐藏采集点或提升掉落率。每章开始前应优先检查各商店新品与学生课新任务，确保素材链完整。
